Variants du Covid-19 : Comment expliquer leur apparition soudaine et simultanée ?
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Contrairement au virus historique dont ils proviennent, les variants du coronavirus SARS-CoV-2 possèdent une rapidité de transmission phénoménale. En effet, les variants britannique, brésilien et sud-africain ne marquent que le début de l’évolution du SARS-CoV-2. Benjamin Roche, directeur de recherche à l’Institut de recherche pour le développement (IRD) a donné plusieurs pistes au média anglais The Conversation.
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Différents types de variants
Trois variants principaux du coronavirus SARS-CoV-2 sont apparus ces derniers mois. Le VOC 202012/01 en Angleterre au mois de septembre, le 501 Y.V2 en Afrique du Sud au mois d’octobre et le P.1 au Brésil et au Japon, au mois de janvier 2021. Le SARS-CoV-2 mute en permanence, comme tous les autres virus. Il se multiplie, recopie son matériel génétique, ce qui aboutit parfois à des mutations. L’émergence des variants est un mécanisme naturel. Pourtant, on n’explique pas la concomitance de l’apparition des variants du SARS-CoV-2 par une raison précise.
Dans certains cas, les virus portent des mutations spontanées qui leur sont délétères, et sont appelés « virus-contre sélectionnés ». De ce fait, ils se transmettent moins bien que des virus qui ne porteraient pas ce type de mutation. Dans un autre cas, les mutations n’ont pas de conséquences « observables ». Elles ne rendent pas le virus plus ou moins contagieux, ne changent pas les symptômes, et infectent les mêmes classes d’âge. On dit de ces mutations qu’elles sont « neutres« .
Enfin, certaines mutations spontanées accélèrent la transmission du virus, peuvent se transmettre à d’autres catégories d’âge et provoquer une maladie plus grave. Ces mutations sont « sélectionnées » : ce sont les variants. En effet, le variant anglais est plus transmissible que les virus précédents, et les variants sud-africain et brésilien pourraient réinfecter des personnes ayant déjà été infectées par le virus SARS-CoV-2 précédemment.
Pourquoi ces variants sont-ils apparus de façon concomitante ?
Il y a ici aussi trois hypothèses, qui peuvent ou non être interdépendantes, pour expliquer l’apparition des variants à partir de septembre 2020. Tout d’abord, cela pourrait s’expliquer grâce à l’amélioration ces derniers mois de la méthode d’identification des variants. Le premier a été identifié en Angleterre, connu pour son excellente capacité de séquençage des virus.
La deuxième hypothèse résiderait dans l’augmentation des pressions de sélection sur le virus. L’immunité de masse prédite à Manaus, où le variant brésilien est apparu, n’a pas été atteinte. Si certaines mutations changent suffisamment les caractéristiques « observables » du virus pour qu’il ne soit pas reconnu par les anticorps produit lors de la première vague épidémique, ce virus se transmettra beaucoup plus massivement. Cela a pu être le cas à Manaus.
Enfin, il est possible que des « Covid-longs » soient responsables de la concomitance des variants à partir de septembre 2020. Les patients au système immunitaire déficient infectés par le Covid-19 développent des formes longues de la maladie. Le virus étant présent plusieurs mois dans l’organisme, il évolue. Les formes de Covid-longs ont possiblement fait leur apparition au même moment, ce qui expliquerait alors l’émergence simultanée des variants.
Et après ?
Nous pourrions assister à l’émergence de nouveaux variants dans les prochains mois, et le niveau de transmission viendrait encore à augmenter. Le nombre de reproduction de base du SARS-CoV-2, le R0 (qui correspond au nombre de personnes qu’un individu infecté contamine) était d’environ 3 au début de l’épidémie. Ceux des variants britannique et sud-africain se situerait entre 4 et 5. De plus, la proportion des individus ayant déjà été contaminés par le virus historique, et ayant été infectée par un variant par la suite est à surveiller.
L’efficacité des vaccins contre les variants du SARS-CoV-2 doit également être attentivement surveillée. Même si les vaccins actuels semblent avoir prouvé leur efficacité sur ces derniers, l’Afrique du Sud avait, elle, arrêté provisoirement d’injecter des doses du vaccin d’Oxford-AstraZeneca à sa population, après qu’une étude ait prouvé son efficacité limitée contre les variants. Le virus de la grippe a lui aussi connu son lot de variants, ce pourquoi les laboratoires mettent régulièrement les vaccins à jour.
Source : Futura Santé
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